أكد المفكر القبطي الدكتور رفيق حبيب أن حادث التفجير الذي شهدته كنيسة القديسين بالإسكندرية مؤشر قوي أن العنف والغضب الذي يشهده المجتمع المصري انتقل من الجانب السياسي الي الجانب الطائفي بعد أن تمدد في المجتمع بشكل خطير. وأضاف أن المجتمع المصري وحده سيدفع ثمن التوازنات التي تمت بين الدولة والكنيسة وأخلت خلالها بالتوازن الإجتماعي موضحا أن الدولة تتعامل بعنف وفجاجة مع التيارات الإسلامية وتنحاز للاقباط علي حساب التوازن المجتمعي مما أدي للإنتقام بهذه الطريقه البشعة.

وقال حبيب أن التلميح بأن تكون القاعدة أو الموساد وراء التفجيرات كلها محاولات للهروب من المشكلة والبحث عن شماعة خارجية لتعليق الكارثة عليها ،مشيرا الي أننا إذا أغمضنا أعيننا هذه المرة فإننا سنغمض أعيننا بعد ذلك كثيرا !!
وأشار حبيب الي أن النظام والدولة تتحملان المسئولية عن الحادث ووصف خطاب الرئيس مبارك حول الأزمة  وحديثه عن قطع راس الافعي بأنه خطاب يميل للعقلية الأمنية التي أغفلت الجوانب المجتمعية . موضحا أن الغضب في مصر أصبح مشاعا وسيتحول رويدا رويدا الي غضب وعنف عشوائي  لا يمكن حصاره ، وبالتالي لابد من البدأ الآن إذا أرادت الدولة أن تصل لحلول فعلية بنسف كافة سياساتها التي تتبعها منذ 50عاما وأدت لتفكيك المجتمع وتسببت في الصراعات التي تحدث داخله الآن .

من جانبه قال جمال أسعد عضو مجلس الشعب أن هناك ملاحظة لا يجد لها تفسيرا حتي الآن وهي أن هذا التوقيت صار توقيت المجازر التي بدات بأحداث الكشح الأولي عام 99 ثم الكشح الثانية عام 2000مرورا بحادث عيد الميلاد الماضي بقنا ثم تفجيرات الاسكندرية اليوم وقال أننا لايمكن أن نسقط تهديدات القاعدة من حساباتنا موضحا أنه لا يعني ذلك أن لقاعدة حضرت الي مصر للتنفيذ وانما يمكن أن يكون هناك من يعتنق فكر القاعدة في مصر ولا تربطه أية علاقات بالتنظيم العالمي للقاعدة .وأشار أسعد الي تهاون الأمن الذي يعلم أن هناك تهديدات جدية بتنفيذ أعمال عنف ضد الاقباط ولم يتخذ الاجراءات اللازمة تجاهها وكذلك مسئولية النظام الذي لا يواجة الفتنة الطائفية وحالة الاحتقان في الشارع المصري وتعامل معها بمنطق مرة علي الاقباط ومرة علي المسلمين.
 كما أشار أسعد الي مخططات المساد التي قال انها معلنة للتاثير في علاقة المسلمين والأقباط ولم يستبعد احتمالية تورطه في التفجيرات ، وأوضح أن أول خطوة لعلاج الحالة الطائفية المصرية هي أن تكون سيطرة المؤسسات الدينية المصرية علي الجوانب الروحية فقط .
وقالت نائبة مجلس الشعب السابقة جوجيت قليني أن المسئولين المصريين لم يأخذوا تهديدات القاعدة مأخذ الجد ،موضحة أنه يجب أن يكون هناك تحقيق لبيان هل ما تم من اجراءات يتناسب مع التهديدات التي كان الجميع يعلم بها ،وتساءلت عن سبب عدم تشكيلمجلس الشعب لجنة تقصي حقائق لكشف ملابسات الحادث ومعرفة أوجه الخلل والقصور الي جانب اللجان  التي أعلن عن تشكيلها بعد الحادث.