فى أول رد فعل جماعي علي تحقيقات وزارة العدل مع المنظمات الحقوقية وإحالة 43 مصريا واجنبيا للجنايات، أصدرت 29 منظمة حقوقية مدنية أبرزها المنظمة المصرية لحقوق الانسان ومركز القاهرة لدراسات حقوق الانسان ومركز قضايا المرأة المصرية بيانا رسميا ذكرت فيه أن قضاء مصر غير مستقل بشهادة القضاة.

وأعربت المنظمات خلال البيان عن استنكارها الشديد لاستمرار حملة تشويه وإرهاب منظمات المجتمع المدني، خاصة منظمات حقوق الإنسان.
وأكد البيان على أن إحالة 43 مصريا وأجنبيا لمحكمة الجنايات، هو في حقيقته مسألة ذات أهداف وبواعث سياسية بالأساس، حيث أن المؤسسات المُحالة للمحاكمة تمارس نشاطها منذ عدة سنوات، دون أن يُطلب منها وقف نشاطها أو إغلاق مقارها.
كما أن الحكومة المصرية وجهت الدعوة في أكتوبر الماضي لإثنين من هذه المنظمات لمراقبة الانتخابات البرلمانية، رغم أنه طبقًا للمادة الثانية من القرار رقم (20) لسنة 2011 الصادر من رئيس اللجنة العليا للانتخابات بشأن تنظيم دور المجتمع المدني في متابعة الانتخابات، لا يجوز للمنظمة المدنية غير المصرية أن تتابع العملية الانتخابية إلا بعد تقديم “ما يفيد تصريح وزارة الخارجية بمباشرة هذا النشاط في مصر؟!” و لعل هذا التصريح وإن كان محدد بنشاط مراقبة الانتخابات إلا أنه يضفي مشروعية لعمل المنظمات المصرح لها حيث أن التصريح بممارسة نشاط محدد يقتضي مشروعية وقانونية وجود المنظمة في مصر بداهة.
وأشار البيان إن قرار مداهمة المنظمات الاجنبية و حقوقية مصرية أخرى من قبل القوات المسلحة، وتحويلها للمحاكمة، يثير التساؤل عما إذا كان هذا التطور يجد سندًا في المزاعم التي يروجها كبار المسئولين في الحكومة عن “سيادة القانون”، و”استقلال القضاء”؟
وتابع ، إن أول من يشهد على عدم استقلال القضاء في مصر هم كبار القضاة المصريين أنفسهم، جنبًا إلى جنب مع كل الذين يكافحون من أجل دولة الحق والقانون في مصر، أيا كانت انتماءاتهم السياسية.
واستطرد البيان بان قضاة تيار استقلال القضاء  مازالوا يجاهدون من اجل الحصول علي استقلالهم ، ودفعوا ثمنًا غاليًا في كل العهود. ، مشيرا الي انه عندما تولى شيخ القضاة المستشار حسام الغرياني رئاسة المجلس الأعلى للقضاء في يوليو 2011، فإنه شكّل لجنة لوضع قانون يكفل استقلال القضاء، أسند رئاستها لأحد أبرز قضاة تيار الاستقلال: المستشار أحمد مكي.
وكان رئيس المجلس الأعلى للقضاء يأمل في اعتماد مشروع القانون قبل الانتخابات البرلمانية، حتى لا يؤثر عدم استقلال القضاء سلبًا على نزاهة الانتخابات، وحتى يتمتع القضاة المشرفون عليها بالاحترام الواجب. وبالرغم من ترحيب تلك اللجنة بإجراء تعديلات على مشروع القانون خصوصًا في علاقته بالمحاميين إلا أن المجلس العسكري رفض أن ينظر في المشروع المُقدم، بل تعرض مئات القضاة للاعتداء أثناء المرحلة الثانية للانتخابات من الشرطة العسكرية، وهو ما دفع بعض القضاة أن يشرعوا في تقديم استقالاتهم نتيجة ما تعرضوا له من إساءات وإهانة، الأمر الذي دفع نادي القضاة بالتهديد بعدم الإشراف على المرحلة الثالثة من الانتخابات، وليظل القضاء المصري لا يتمتع بالاستقلالية التي تذكرتها فجأة الحكومة المصرية، لإضفاء المصداقية على معركة سياسية تفتقر للسند الأخلاقي قبل كل شيء.