أثارت تصريحات البابا شنودة التي وصف فيها شباب الحركات السياسية الذين شاركوا في مظاهرات الأقباط بأنها " عناصر سياسية مندسة ورددت هتافات تجاوزت حدود الأدب" إستياء أعضاء الحركات خاصة بعد قرار تحويل 8 من الشباب المعتقلين على خلفية المشاركة في مظاهرة كنيسة العذراء بمسرة للتضامن مع الأقباط للمحاكمة العاجلة الخميس.

وقال أحمد ماهر_منسق حركة شباب 6 ابريل_ أن النظام المصري يستخدم البابا شنودة كقوة ضغط سياسية على الأقباط نظرا لتقديسهم له ولكلامه محاولا مواجهة الحركات السياسية وإبعاد الأقباط عنها من خلاله مؤكدا أن الحركات السياسية ومنها حركة شباب 6 ابريل تحمل الحزب الوطني مسؤلية الحادث لأن سياسته أدت إلى المزيد من مشاعر الإحتقان بين المسلمين والمسيحيين كما أن السياسة الأمنية ووزارة الداخلية التي تنصب مجهوداتها على مطاردة ومراقبة وإعتقال النشطاء السياسيين فقط بينما تفتقد الشوارع المصرية إلى الإنضباط والأمن ولم تتم حراسة الكنائس بشكل كاف رغم تلقي تهديدات قبل الحادث.

وأضاف: النظام غير قادر على معالجة الأزمة فبدلا من ذلك قامت بإعتقال النشطاء بسبب تضامنهم مع المسيحيين وإعلانهم التوجه للكنائس معهم ليلة عيد الميلاد المجيد مما يخلق مزيدا من الفصل بين المسلمين والمسيحيين وعزل السياسيين عنهم، مؤكدا أن المشكلة الحقيقية سياسية وليست أمنية وأن الهدف من مشاركة الحركة للمسيحيين غضبهم وإحتفالهم هو دعم التقارب بين المسلمين والمسيحيين.

أما خالد السيد _أحد أعضاء حركة شباب من أجل العدالة والحرية_ فوصف تصريحات البابا بأنها إعلان رسمي لتخليه عن المسلمين الذين يتضامنون مع إخوانهم المسيحيين وعن الذين تم إعتقالهم من أمام الكنائس يهتفون ضد اضطهاد الأقباط مضيفا قوله: البابا شنوده مثله مثل شيخ الأزهر جزء من النظام والطبقة الحاكمة ومصالحه تتماشى مع مصالح النظام ومرتبطة بوجوده لذلك فهو يؤيد الحزب الوطني ومبارك دائما فكان طبيعيا أن يصف شباب الحركات السياسية بأنهم "مندسون" مستخدما نفس مصطلحات وزير الداخلية، وهي تصريحات هدفها تفتيت جهود المتضامنين مع المسيحيين كي تكون الكنيسة هي الموجه الوحيد لغضب الإخوة المسيحيين وتستطيع تفعيله في الاتجاه الذي يريده النظام الذي يشغل المصريين بفكرة المسلم والمسيحي ليصرف أذهانهم عن مساوئ وفساد النظام الذي يحكمهم جميعا .

ويعتقد خالد أن تصريحات البابا ربما تكون قد أثرت على اتخاذ قرار تحويل الشباب لمحاكمة عاجلة إلا أنه يرى أنه لا يمكن الجزم بذلك مؤكدا أن لا المحاكمة ولا تصريحات البابا ستؤثر على مشاركة الحركة في فعاليات التضامن مع المسيحيين مشيرا أن شبابها يشاركون من منطلق إيمانهم بالوحدة الوطنية وضرورة محاربة الإرهاب والفتنة الطائفية ورؤيتهم عن إضطهاد الأقباط في مصر.