قال الدكتور محمد عمارة عضو مجمع البحوث الإسلامية أن البابا شنودة يحمل مشروعا طائفيا يهدد مصر منذ توليه رئاسة الكنيسة الأرثوذكسية منذ ما يقرب من أربعين عام , وقال عمارة فى نشرة الحصاد المسائية بقناة الجزيرة مساء السبت أن الإساءات التى صدرت من الأنبا بيشوى الرجل الثانى فى الكنيسة ضد القرآن وعقيدة المسلمين  ليست خطأ عابر يعتذر عنه بيشوى ويقول أن كلامه أسئ فهمه بل هو منهج وفكر وسياسة ثابتة لدى المؤسسة الكنسية التى يرأسها البابا شنودة وليس خطأ وقع فيه سكرتير المجمع المقدس مشيرا إلى أن البابا شنودة له كتاب يتضمن نفس الكلام الذى ردده بيشوى كما أن البابا كتب نفس هذا الكلام المسئ للإسلام أيضا فى مجلة الهلال عام 1970 وكرره فى حديث أدلى له لجريدة الأسبوع مع الصحفية سناء السعيد .

 وتساءل عمارة قائلا : لماذا لم تكن فى مصر فتنة قبل تولى البابا شنودة رئاسة الكنيسة , ولماذا لا يثير المسيحيون الكاثوليك أو الإنجيليون أوغيرهم من الطوائف المسيحية الأخرى الفتنة مثلما تفعل الكنيسة الأرثوذكسية , وطالب عمارة بعودة الكنيسة الأرثوذكسية إلى سابق عهدها بالعناية بالرسالة الروحية والإبتعاد عن السياسة , والتوقف عن الإستقواء بالغرب , كما حذر الكنيسة مما أسماه بجر مصر إلى فتنة تهددها وتمزقها على غرار ما يحدث فى العراق ولبنان .

 وقال عمارة منفعلا إن الكنيسة أصبحت دولة فوق الدولة لدرجة أن البابا تحدى الدولة وتحدى القانون ورفض تنفيذ أحكام القضاء وأدلى بتصريحات لو صدرت من شيخ الأزهر أو أى قاضى لقامت الدنيا ولم تقعد , وتطرق إلى الإجتماع الذى عقده مجمع البحوث الإسلامية الدكتور برئاسة الدكتور أحمد الطيب  شيخ الأزهر والذى يعد عمارة أحد أعضاؤه يوم السبت لمناقشة تصريحات بيشوى بخصوص القرآن الكريم , وأكد أن غالبية أعضاء مجمع البحوث حريصون على الوحدة الوطنية ولكنهم فى نفس الوقت يحذرون من المساس بالعقيدة الإسلامية وأكدوا أنها خط أحمر لا يجوز لأحد الإقتراب منه , وإختتم عمارة تصريحاته بالتأكيد على أن الدكتور محمد سليم العوا لم يعتذر ولم يتراجع كما يشيع البعض عما قاله فى قناة الجزيرة بخصوص الكنيسة الأرثوذكسية.