وبدأت المرحلة الثالثة لمشروعه الفكري في أواسط تسعينات القرن الماضي حيث تنصب اهتماماته على مثالب المناخ الثقافي السائد في المجتمعات العربية والتي تعود جذورها إلى الفهم والتفاسير بالغة السلبية للدين، ذلك بموازاة ومحازاة المغالاة والتطرّف في مقرّرات العديد من الهيئات التعليمية العربية.

إلى جانب مؤلفات طارق حجي السبعة عشر، بالعربية، فقد صدرت له خمسة كتبا باللغة الانكليزية، تتصل بالمرحلة الثالثة من مشروعه الفكري، أي بالسقم المعرفي والثقافي والتعليمي الشائع والذائع في معظم المناخات الثقافية العربية.

وخلال السنوات العشر الأخيرة أصبح مشروع طارق حجي الفكري مشهودا لدى جل مراكز البحوث الأميركية والكندية والأوروبية، وكذا معاهد دراسات الشرق الأوسط بكبريات جامعات العام المتقدم، حيث قامت جامعة كبرى مثل جامعة تورنتو بتأسيس كرسي باسمه للدراسات العليا في الأديان المقارنة، كما ساهم هو في عملية تأسيس أول كرسي للدراسات القبطية في الجامعة الاميركية بالقاهرة.

ويجيء فوز حجي بجائزة غرينزين الإيطالية المرموقة كتتويج لعشرات الكتب ومئات المقالات التي كتبها بالعربية، وتمت ترجمتها، وتمت ترجمتها إلى الإنجليزية والفرنسية والإسبانية والعبرية والإيطالية والألمانية .

ويمكن تلخيص المشروع  الفكري لحجي في النقاط التالية :
1- إيقاظ العقل العربي على حقيقة كونه من أقل العقول المعاصرة قبولا للنقد، وكذا ممارسة للنقد الذاني. إذ يرى حجي أن العقل النقدي كان ولا يزال حجرالأساس الذي قامت عليه الحضارة الغربية المعاصرة.

2- الدعوة التفصيلية في أعماله لضرورة بذر قيمة الإيمان بالتعددية، وممارسة الغيرية، وكلاهما مفتقد في سوسيولوجيا القبيلة العربية التي لا تعرف إلا الفردانية عوضا عن التعدد كما أنها تقصي نفسها عن  الغير وتلتف حول الأنا. وقد قدم حجي تحليلات مطولة لتفشّي قيم القبيلة العربية في أهم شكل من أشكال الإبداع عند العرب وهو الشعر. وله مقولة بأن الشعر العربي النبطي يقوم كلية على قيم القبيلة المناقضة والمناهضة لقيم المجمع المدني العصري المتحضر.

3- يدعو حجي إلى وضع برامج تعليمية تفصيلية تؤصل لقيمة عالمية وإنسانية العلم والمعرفة  في المسيرة الحضارية، ففي كتابه "قيم التقدّم" يحاول حجي أن يرسخ في عقل وضمير قرائه أن التقدم ليس ظاهرة غربية، ولا يهودية، ولا مسيحية، بل هي  ظاهرة ذات مكونات وعناصر إنسانية محض.

4- حجي من المناصرين والدعاة العنيدين لحقوق المرأة والأقليات، وقيم التسامح الديني والثقافي.

ومن آخر إنجازاته مشروع تنويري قيد التأسيس لمؤسسة ثقافية يطلق عليها اسم "مجلس ابن رشد وابن ميمون للتلاقح الثقافي"، والتي سيكون مقرّها الأساسي بالعاصمة الأميركية واشنطن.