كان من المفترض أن تبدأ عملية الفرز مع اختتام أعمال الاقتراع في اليوم الثاني من الانتخابات الرئاسية المصرية، وهي بالطبع ستؤجل لنهاية اقتراع يوم الغد مع تمديد التصويت ليوم ثالث.

ومن المنتظر أن تجري عملية الفرز كما يلي:

شكلت لجنة الانتخابات الرئاسية لجاناً فرعية تتولى الإشراف على الاقتراع والفرز برئاسة أحد أعضاء الجهات أو الهيئات القضائية تشرف عليها لجان عامة.

وتعيّن لجنة الانتخابات الرئاسية أميناً أصلياً أو أكثر وعدداً كافياً من الاحتياطيين لكل لجنة فرعية وعامة يتم اختيارهم من بين العاملين المدنيين بالدولة.

تقوم كل "لجنة فرعية" بعد انتهاء عملية الاقتراع بـفرزٍ وحصرٍ لأعداد المقيّدين باللجنة وعدد من حضر منهم وعدد الأصوات الصحيحة والباطلة وعدد الأصوات التي حصل عليها كل مرشح، ثم يتم بعد ذلك إثبات الحصر في محضر وإعلانه في حضور وكلاء المرشحين أو مندوبيهم، وتُسلم نتائج الفرز لرئيس اللجنة العامة التابع لها بموجب كشف رسمي.

بعدها تنظر اللجان العامة في جميع المسائل التي تتعلق بعملية الاقتراع وتقرر صحة أو بطلان إدلاء أي ناخب بصوته. أما المرشحون فيحق لهم الطعن في القرارات الصادرة من اللجان العامة أمام لجنة الانتخابات فقط وذلك خلال يوم على الأكثر لصدور القرار محل الطعن. وتفصل اللجنة في الطعن خلال يومين.

وتقوم اللجنة العامة بتجميع كشوف الفرز المعدة بمعرفة اللجان الفرعية لجمع أصوات الناخبين وإثبات إجمالي ما حصل عليه كل مرشح من جميع اللجان في محضر من ثلاث نسخ يوقعه رئيس اللجنة وأمينُها.

وعقب انتهاء اللجنة من أعمالها تقوم بإعلان حصر عدد الأصوات الصحيحة التي حصل عليها كل مرشح، على أن تتم جميع الإجراءات السابقة في حضور من يوجد من المرشحين أو وكلائهم وممثلين عن منظمات المجتمع المدني ووسائل الإعلام المصرح لهم من لجنة الانتخابات الرئاسية.

وتعلن لجنة الانتخابات الرئاسية دون غيرها النتيجة العامة للانتخابات خلال الخمسة أيام التالية لوصول جميع محاضر اللجان العامة إليها وتنشر النتيجة في الجريدة الرسمية.

ويعلن انتخاب رئيس الجمهورية بحصول المرشح على الأغلبية المطلقة لعدد الأصوات الصحيحة.