رفضت كنائس مصر الدعوة المتطرفة التي أطلقتها إحدي الكنائس التي تتبع الحركة الكارزمية فى فلوريدا لحرق القران في ذكرى 11 سبتمبر تحت مزاعم أنه الإسلام دين  الإرهاب في العالم  ، وأكدت أن إقدامها علي فعل هذا الأمر سوف تزيد الأمور اشتعالاً بين العالم الإسلامي والغرب.

 ومن جهته قال الأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة الكنيسة الأرثوذكسية ترفض هذه الأفعال المشينة تماماً لأنها تدخل ضمن سياق   ازدراء للأديان، وإهانة لمشاعر إخوتنا المسلمين،  و المسيحيون يحترمون قدسية كل الكتب السماوية المقدسة ، مطالباً السلطات الأمريكية بالتصدي لمثل هذه الأفعال الصبيانية.  

وأصدرت الكنيسة الأسقفية بالشرق الأوسط  بياناً نددت فيه بالدعوة المتطرفة لحرق القرآن الكريم ، وقال  المطران منير حنا رئيس الكنيسة الأسقفية  : نحن نستنكر بشدة أي محاوله للازدراء بالمقدسات الدينية لدى أحبائنا المسلمين وندين محاولة حرق القرآن الكريم من قبل أحد القساوسة الامريكين، مشيراً أن هذه الكنيسة مستقلة بذاتها وليست جزءاً من أي طائفة مسيحية معروفة ، ومؤكداً أن هذا العمل يعد خروج صريح عن تعليم السيد المسيح الذى دعا إلى المحبة والسلام ، ويؤثر سلباً علي جسور العلاقة الطيبة بين العالم الإسلامي والغرب نظراً لتنامي روح التعصب ، وناشد حنا محبي السلام من أتباع الديانات أن يتعاونوا معاً للتغلب على الأفكار الهدامة وتنمية روح المحبة والتعايش بين أتباع الديانات السماوية المختلفة .

 ونظم نجيب جبرائيل المحامى، وقفة احتجاجية أمام مكتب النائب العام، ظهر الأربعاء، احتجاجاً على إقدام القس تيري جونز ، على تنظيم مسيرة لحرق المصحف يوم 11 سبتمبر ، مؤكداً أن هذا القس لا يعبر عن المسيحية ولا أتباعها "، و طالب جبرائيل الرئيس الأمريكي باراك أوباما، الذي قطع عهداً على نفسه في خطابه بجامعة القاهرة بأن يبدأ عصراً جديداً في العلاقات بين العالم الإسلامي والغربي بمطالبه بمحاكمة القس جون باعتبار أن ما أقدم عليه هو عمل متطرف وإرهابي .

من جهة أخري أعرب مركز سواسية لحقوق الإنسان ومناهضة التمييز عن انزعاجه البالغ لاختفاء كاميليا زاخر - زوج كاهن دير مواس - عقب ما تردد حول قيامها بإشهار إسلامها، واحتجاز الكنيسة لها ورفضها إعلان مكانها للرأي العام ، بالرغم من المظاهرات الشعبية التي تطالب الأزهر الشريف والحكومة المصرية بالتدخل، والضغط على الكنيسة من أجل الإعلان عن مكان إقامتها، لمعرفة ما إذا كانت لا تزال علي قيد الحياة أم أنه قد تمت تصفيتها مثلما يزعم البعض، وذلك حفاظاً علي الوحدة الوطنية، ومنعاً لحدوث احتقانات طائفية ما بين المسلمين والمسيحيين، إذ من شأن ذلك أن يشعل نار الفتنة في مصر، ويدفع عنصري الأمة للدخول في صراعات لا طائل من ورائها سوى الخراب والدمار لمصر وشعبها.