أعربت العديد من المنظمات الحقوقية عن رفضها لجنة تقصي الحقائق التي أنشأها مجلس الوزراء، وطالبت بتشكيل لجنة تقصي حقائق مستقلة من عناصر قضائية ومن المجتمع المدني بصلاحيات واسعة، تشمل استجواب أفراد من القوات المسلحة، للنظر في أعمال القتل خارج نطاق القانون التي حدثت ليلة 9 أكتوبر 2011 بماسبيرو، وكشف الحقيقة بشأن المجموعات التي اشتركت في الاشتباكات مرتدية الزي المدني، وهو المشهد الذي بات يتكرر كلما توترت الأجواء السياسية بين تجمعات الاحتجاج السلمية، وبين القائمين على إدارة البلاد، كما تطالب المنظمات أن يشمل التحقيق ملابسات الدعاوى التحريضية في الإعلام الرسمي ضد الأقباط، على أن تعلن اللجنة نتائج تحقيقاتها في مدة أقصاها ثلاثة أسابيع في مؤتمر صحفي، محددة الجناة والإجراءات القانونية واجبة التفعيل في هذا السياق حتى يحال جميع من يثبت تورطهم فيها، بمن فيهم ضباط وأفراد الجيش والشرطة إلى القضاء، وتحمل المجلس الأعلى للقوات المسلحة والحكومة مسئولياتهما الدستورية والقانونية في تأمين الاحترام الواجب للقانون من قبل كافة المواطنين والجماعات، وفي توفير مقتضيات الأمن الإنساني لجميع المواطنين بصفة عامة، والتخلي عن ازدواجية المعايير، والتطبيق الصارم للقانون حيال مرتكبي جرائم العنف الطائفي والاعتداءات على دور العبادة.
المنظمات التي من بينها مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، مؤسسة حرية الفكر والتعبير، المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، ومركز هشام مبارك للقانون، أصدرت بيان أدانت فيه القتل والعنف خارج نطاق القانون علي يد قوات الشرطة العسكرية وقوات الأمن المركزي ضد المتظاهرين السلميين المؤيدين لحقوق المواطنين الأقباط في منطقة ماسبيرو، وطالبت المنظمات بتشكيل هيئة تحقيق مستقلة لا استثنائية، وترفض أن تتولى النيابة العسكرية التحقيق في القضية باعتبارها جزءً من المؤسسة العسكرية التي يتهمها مصابين ومتظاهرين بالقتل، والتي لا يمكن اعتبارها طرفا محايدا في هذه القضية.
كذلك يدين البيان اقتحام الشرطة العسكرية مقر قناتي "الحرة"، و"25 يناير" خلال الأحداث وقطع البث المباشر عنهما، كما يدين الدور التحريضي الذي قام به الإعلام الرسمي التابع للدولة، والتي أشارت الدلالات إلى وجود صلة مباشرة بين هذه الأحداث وما تبعها من اشتباكات ذات صبغة طائفية بين أهالي المناطق المجاورة والمتظاهرين المؤيدين لحقوق الأقباط، والتحريض السافر من الإعلام الرسمي ضد المتظاهرين، حيث تخلى التلفزيون الرسمي للدولة عن المهنية وأذاع أخبارا عن إطلاق المتظاهرين الأقباط أعيرة نارية على جنود القوات المسلحة تسببت في قتل ثلاثة جنود وإصابة العشرات، دون الإشارة إلى الضحايا من المتظاهرين اللذين تم تجاهلهم تماما، كما بلغ انعدام المسئولية لدى القائمين على الجهاز الإعلامي الرسمي حد أن أذاع التليفزيون نداء تحريضي موجه للمواطنين المصريين للنزول إلى الشارع وحماية الجيش من "اعتداءات المتظاهرين الأقباط".
وأعلن البيان عن بالغ الإستياء جراء افتقار خطاب رئيس مجلس الوزراء و المؤتمر الصحفي الذي عقده المجلس العسكري للحد الأدنى من المسئولية الواجب توافرها إزاء هذه الجريمة البشعة، حيث حرص كلا من المجلس والحكومة على توصيف أحداث القتل باعتبارها اشتباكات بين مجموعتين من المسلمين والمسيحيين و"عناصر خارجية" لم يحددا هويتها، وتجاهلا تورط ضباط وجنود القوات المسلحة التي يشير شهود العيان وتشير التقارير وكاميرات التلفزيون إلى مسئوليتهم المباشرة عن مقتل المتظاهرين، وبدلاً من أن يفتح المجلس العسكري تحقيقًا بشأن تغطية الإعلام الرسمي للأحداث فإنه أشاد بحياديته، وتجاهل مسئوليته في دعوة المواطنين للنزول لحماية الجيش، مما شكل تحريضا مباشرا على الاشتباكات الطائفية، وهو ما يؤكد عدم توافر الإرادة السياسية لدى المجلس العسكري والحكومة لإحداث قطيعة مع سياسات نظام مبارك الأمنية التي فاقمت من المشكلة الطائفية، وجعلت من الأقليات الدينية وممتلكاتها ودور عبادتها أهدافًا مستباحة لصنوف شتى من الاعتداءات دون محاسبة.
انتقد البيان فشل المجلس العسكري والحكومة الانتقالية على مدار الشهور السابقة في الوصول لنتائج لسلسلة من التحقيقات أعلنا أنهما يجريانها مثل: كشوف العذرية للمواطنات المصريات المقبوض عليهن من ميدان التحرير، ومقتل مواطنين أثناء فض اعتصام ميدان التحرير، مرورا بمقتل المواطن رامي فخري في كمين للجيش على طريق القاهرة – الإسماعيلية، وصولا إلى أحداث مسجد النور في العباسية مساء 23 يوليو 2011 ومقتل المواطن محمد محسن.
