كان الأنبا بيشوى قال في تصريحات صحفية سابقة إن المسلمين ضيوف على الأقباط، وهو ما أثار ردود فعل غاضبة انتقدت تصريحات رجل الدين المسيحي.
جاء ذلك خلال الحوار التلفزيوني الذي أجراه الإعلامي عبد اللطيف المناوي على التلفزيون المصري، مع البابا، والذي أكد أنه يعتبر الحوار حول الأمور العقائدية خطا أحمر لا يجوز تجاوزه؛ تعليقا على تصريحات سابقة أدلى بها الأنبا بيشوى ونشرتها الصحف تتعلق بآرائه في عدد من آيات القرآن.
وأضاف البابا: "بيشوى شخص ذكي، والمفروض أن يراعي رد الفعل لأي كلمة يقولها، وإثارة مثل هذا الموضوع أمر غير لائق.. وأتمنى أن تكون تصريحاته كتبت بطريقة صحفية مش مظبوطة"، وأضاف: "هذه التصريحات غريبة على لغة بيشوي، فهو اعتاد الدفاع عن الجو الإسلامي والقضية الفلسطينية".
وانتقد البابا شنودة الثالث تصريحات الأنبا بيشوى في مؤتمر تثبيت العقيدة حول بعض آيات القرآن الكريم، قائلا: "مش أصول أن نتدخل في مفهومها (الآيات).. ليس من الأصول الدخول في الخلافات الدينية والحوار الديني يكون في المساحات المشتركة، ومن أجل خير البلد".
وكان الأنبا بيشوي قد تساءل في مؤتمر ''تثبيت العقيدة'' بالفيوم عما إذا كانت بعض آيات القرآن الكريم ''قد قيلت في وقت النبي محمد (صلى الله عليه وسلم) أم أضيفت فيما بعد في عهد عثمان''، داعيا إلى مراجعتها.
وأكد أنه لم يلتق الأنبا بيشوى منذ حوالي 5 أو 6 أيام، ولم يتطرق معه إلى موضوع التصريحات لأنه لم يكن يعلم به، وقال: "لو كنت أعرف كنت أخليهم يوقفوها من الأول".
وحول الانتقادات التى وجهها الدكتور محمد سليم العوا للكنيسة، رغم أنه كان أحد المشاركين في مؤتمرات حوار الأديان، قال شنودة نافيا: "لم يحدث أنه أقام حوارا معنا في يوم من الأيام". وكان العوا قد انتقد الكنيسة في حوار تلفزيوني متهما إياها بتخزين أسلحة داخل الكنائس